1)使用原料不同
明胶胶囊的主要成分是药用明胶，明胶来源于动物皮、筋、骨中的胶原蛋白。羟丙甲纤维素胶囊的主要成分是2-羟丙甲纤维素，通常由植物水解制得的纤维素，经醚化制成。
2）囊壳化学结构、稳定性不同
明胶内残存赖氨酸，可能会发生交联反应，而羟丙甲纤维素化学性质稳定，不会发生交联反应。
3）含水量不同
明胶胶囊的含水量约为12.5-17.5%,羟丙甲纤维素空心胶囊胶囊的含水量约为4%-6%，明胶胶囊含水量低于10%会变脆，而羟丙甲纤维素胶囊的含水量即使达到1%也不会变脆，更适合填充水敏感性内容物。
4）包衣性能不同
羟丙甲纤维素胶囊的表面比空心胶囊粗糙，与大多数肠溶包衣材料的亲和力明显高于明胶。羟丙甲纤维素良好的包衣性能，使其在制备缓控释包衣型胶囊剂和靶向制剂时有明显的优势。
5）添加剂不同
明胶胶囊的主要成分是蛋白质，容易滋生繁殖细菌和微生物，生产过程中需添加防腐剂和抑菌剂，这样可能会在胶囊上有残留，且成品包装前还需要选用环氧乙烷方式灭菌，以保证胶囊的微生物控制指标。而羟丙甲纤维素胶囊在生产过程中不需要添加任何防腐剂，并无需环氧乙烷灭菌。
6）贮藏条件不同
经试验证明，羟丙甲纤维素胶囊在低湿条件下几乎不变脆，在高湿条件下依然稳定，在所有气候带内贮藏都没有问题。